西沙群岛等南海诸岛古称“崎头”、“珊瑚洲”。东汉的扬孚在《异物志》中把南海的暗沙、暗礁又称为“磁石”；唐宋时期，我国许多历史、地理著作中把西沙命名为“九乳螺洲”；明清两代地方政府编纂的地方志中称西沙群岛为“千里长沙”，南沙群岛是“万里石塘”。“长沙”在这里是指的是灰沙岛，而“石塘”指的是环礁。

俗话说“沧海桑田”，今天波涛汹涌的南海，在地史上有一个时期一部分海域曾经是陆地，后来下沉才变成现在的一片汪洋。

南海是西太平洋最大的边缘海之一，南海的形成直接受太平洋、印-澳和欧亚三大板块运动的影响。但到目前为止，南海如何形成和演化仍然在研究之中。根据地质学测年，西沙海域目前所见最老的岛屿，应当形成于距今约2百万年前。而碳酸盐岛屿，尤其是那些植被茂密，规模较大的岛屿，究竟是何时形成的仍然较难认定，但至少也有3000年到7000年的历史。